Agencije Zajednice

• Agencija za kontrolu ribarstva Zajednice - CFCA (Bruxelles, prediviđeno preseljenje u Vigo, ES)
• Europska agencija za kemikalije - ECHA (Helsinki, FI)
• Europska agencija za lijekove - EMEA (London, UK)
• Europska agencija za nadzor globalnog navigacijskog satelitskog sustava (GNSS) – EGSA (Bruxelles, BE)
• Europska agencija za obnovu - EAR (Solun, EL)
• Europska agencija za okoliš - EEA (Copenhagen, DA)
• Europska agencija za pomorsku sigurnost - EMSA (Lisabon, PT)
• Europska agencija za sigurnost i zdravlje na radu - EU-OSHA (Bilbao, ES)
• Europska agencija za sigurnost mreža i podataka - ENISA (Heraklion, EL)
• Europska agencija za sigurnost prehrambenih proizvoda - EFSA (Parma, IT)
• Europska agencija za temeljna prava - FRA (Beč, AT) (ranije: Europski nadzorni centar za rasizam i ksenofobiju - EUMC)
• Europska agencija za upravljanje operativnom suradnjom na vanjskim granicama - FRONTEX (Varšava, PL)
• Europska agencija za zrakoplovnu sigurnost - EASA (Köln, DE)
• Europska agencija za željeznice - ERA (Valenciennes, FR)
• Europska zaklada za poboljšanje radnih i životnih uvjeta – EUROFOUND (Dublin, IE)
• Europska zaklada za stručnu izobrazbu - ETF (Torino, IT)
• Europski centar za nadzor droga i ovisnosti o drogama - EMCDDA (Lisabon, PT)
• Europski centar za prevenciju i nadzor bolesti - ECDC (Stockholm, SV)
• Europski centar za razvoj strukovne izobrazbe – Cedefop (Solun, EL)
• Prevoditeljski centar za tijela Europske unije - CdT (Luksemburg, LU)
• Ured za biljnu raznolikost - CPVO (Angers, FR)
• Ured za usklađivanje na unutarnjem tržištu - OHIM (Alicante, ES)

Agencije za zajedničku vanjsku i sigurnosnu politiku

• Europski institut za sigurnosne studije – ISS (Paris, FR)
• Europska obrambena agencija – EDA (Bruxelles, BE)
• Europski satelitski centar – EUSC (Torrejón, ES)

Agencije za policijsku i pravosudnu suradnju u kaznenim stvarima

• Europska policijska škola - CEPOL (Bramshill, UK)
• Eurojust – EUROJUST (Den Haag, NL)
• Europol – EUROPOL (Den Haag, NL)

Izvršne agencije

• Izvršna agencija Europskog istraživačkog vijeća – ERC (Bruxelles, BE)
• Izvršna agencija za istraživanje – REA (Bruxelles, BE)
• Izvršna agencija za javno zdravstvo – PHEA (Luksemburg, LU)
• Izvršna agencija za konkurentnost i inovacije – EACI (Bruxelles, BE)
• Izvršna agencija za obrazovanje, audiovizualnu politiku i kulturu – EACEA (Bruxelles, BE)
• Izvršna agencija za transeuropsku prijevoznu mrežu -TEN-T EA (Bruxelles, BE)

 Agencija EURATOM-a

• Agencija Fusion for Energy (Barcelona, ES)

Ostale agencije

• Europski institut za inovacije i tehnologiju - EIT (Budimpešta, HU)
• Europski ured za odabir osoblja - EPSO (Bruxelles, BE)